Die Innenstadt liegt auf einer Halbinsel, was bedeutet: Auf der einen Seite die Ostsee, auf der anderen das Windebyer Noor, ein rund 400 Hektar großer Binnensee. Wer vom Bahnhof Richtung Hafen läuft, kommt durch schmale Gassen wie den Kattsund oder den Rosengang, die zum historischen Kern der Altstadt gehören.
Am Rathausmarkt 8 steht das Alte Rathaus, dessen Kernbau um 1420 errichtet wurde. Heute beherbergt es das Museum Eckernförde, das sich für einen Besuch bei schlechtem Wetter anbietet. Wenige Schritte entfernt steht die St.-Nicolai-Kirche am Kirchplatz, eine spätgotische Hallenkirche, deren heutiges Erscheinungsbild auf einen Umbau von 1530 zurückgeht.
Am Hafen lohnt sich ein Blick auf den Rundspeicher, ein markantes Gebäude, das seit fast hundert Jahren das Hafenbild prägt. Direkt daneben befindet sich das Ostsee Info-Center mit einem Aquarium, einem Bistro und einem Spielplatz davor. Von der hölzernen Klappbrücke, die seit 1872 die Innenstadt mit dem Stadtteil Borby verbindet, führt ein kurzer, steiler Anstieg hinauf zum Petersberg. Von dort oben hat man einen guten Blick über Hafen, Altstadt und die Eckernförder Bucht.